本校創設於民國五十八年八月一日，創校之初，雅美族人，民智閉塞，對子女就學每加阻撓，經勸導、溝通，勉強湊足三十一名學生。因校地未決，借蘭嶼國小教室上課。其後商得台灣基督教國際兒童基金會成立蘭嶼學生中心，給予學生衣食資助，並由牧師張晃家先生兼代校務。同年十一月十一日校地解決，第一期校舍工程（辦公室一間、教室三間、工藝教室一間、廁所一間）相繼完成，乃於同年十一月十七日由紅頭遷至椰油現址，即以十一月十七日為校慶紀念日。
第一任校長蕭雲淡先生民國五十九年三月一日奉令接掌本校，民國六十年，政府特准本校學生比照師範生公費辦法，給予公費待遇。
第二任校長李玉村先生於民國六十一年九月十三日到任，栽植椰樹、綠化校園、興建學生宿舍大樓、校門、理化實驗室、學生教室等工程。
第三任校長王福來先生於民國六十四年八月一日到任，重新興建學校大門，並豎立先總統蔣公銅像、興建校長宿舍、推展社教活動、藝文競賽。
第四任校長方世玉先生於民國六十七年九月一日到職，興建廚房、鋪設道路、建望海亭、三達池、推展四健會活動，目前方校長雖已過世，然遺愛蘭嶼永留進思。
第五任校長黃文宏先生於民國七十年九月一日到職，興建司令台、聖火台、三百公尺運動場。
第六任校長余添義先生於民國七十三年八月卅一日到職，民國七十六年創設省立東港高級海事水產職校蘭嶼分班，民國七十九年舉行最具特色之高職與國中聯合畢業暨大船下水典禮。同年省立成功商業水產職校成立蘭嶼分班改隸成功商水。
第七任校長古朝登先生〈原住民籍〉於民國七十九年九月一日到職，積極推動教學正常化、行政制度化，加強學生生活教育、增建學生餐廳、增建校園圍牆、更新學生課桌椅、購置電腦、實施行政電腦化、改善教室照明設備、修繕教師及學生宿舍、購置廂形校車運送食品，為師生醫療及交通服務，增進師生福祉。
第八任校長趙保林先生於民國八十二年三月卅一日到職，積極爭取經費，改善教學環境，先後整建學生宿舍、廁所，充實各項設備，校園整體規劃與爭取改制為完全中學，並加強學生生活教育，實施夜間課業輔導與原住民技藝教學，使校園朝氣蓬勃，煥然一新。
第九任校長江銘鉦先生於民國八十五年八月卅一日到職，除接續爭取改制完全中學，改建現有建築外，並重視生活與課業輔導，加強學校與家長、社區之溝通，預計五年內完成所有校舍改建，八十六年八月一日改制為完全中學，開始招生，開設建築餐飲管理學程，原成功商業海事水產職校蘭嶼分班同時停招，八十七年三月廾六日新建師生宿舍奠基，以嘉惠蘭嶼學子。
第十任校長林彩盆女士於民國八十九年八月十六日到職，除繼續原有校舍改建之工作外，在教學上強調感恩的教育、肯定的教育、適性化的教育；以造就廿一世紀兼具群性與個性之現代公民、提升其社會競爭力、以及保有並發揚雅美優良文化為辦學重點。務期學校能扮演文化薪傳及改造者之角色，以利蘭嶼未來之發展。
第十一任校長孫台華女士於九十年八月一日接任。同年十一月新建師生宿舍及教學大樓正式完工，開始進行校園綠化工作。另配合九年一貫教育之實施，訂定學校發展願景，落實學生基本能力培養及文化教育，並充實圖書設備。九十一年八月開始規劃活動中心興建工程，九月成立原住民教育資源中心，同時向外募款購置樂器，推動音樂教育，使學生享有更豐富之學習資源。
第十二任校長吳炳男先生於九十二年八月一日接任。九十三年七月二日新建活動中心動工，為整體規劃的蘭中校園寫下新頁。
第十三任校長高清德先生於九十五年八月一日接任。九十五年十一月十七日主持新建活動中心啟用儀式。並於九十六年一月二十五日遷入新行政大樓。
第十四任校長林銘欽先生於九十六年八月一日接任。
第十五任校長張靖儀女士於九十七年八月一日接任。
第十六任校長陸集珊先生於九十九年八月一日接任。九十九年八月一日至一Ｏ五年推動臺東縣立蘭嶼高級中學中長程校務發展計畫。另配合推動十二年一貫教育之宣導。一Ｏ二年一月二十日主持拆除三棟舊校舍，並規劃整體校園綠化工程，使學生享有清晰自然的校園環境。一Ｏ二年通過『全國優質高中職認證』。
第十七任校長楊瑞良先生於一O四年八月一日接任。『107年度本校獲得校務評鑑優等』『106年度配合教育部實施原住民族實驗教育計畫』『107年度專科教室大樓主持落成啟用，使學生享有更多元的教學空間環境』『活動中心防水防漏工程及隔音殘響設備更新建置，使學生在舞台表演上，增添聽覺及聽覺上之饗宴』『108年度增建室外籃球場，提供住宿學生，擁有運動的活動空間，促進學生健康』。
第十八任校長連紋乾先生於108年8月1日接任。 『109年度 前瞻基礎數位建設—建置校園智慧網路』『109年度前瞻基礎建設數位建設—強化數位教學暨學習資訊應用環境、高中職資訊機房改善』『110年度新整建運動場地啟用，使在學校師生在戶外教學場域或運動能更安全』『112年度師生宿舍防水隔熱與公共空間整體改善及提升基本設施』『112年度教學大樓屋頂防水隔熱修繕，使學生在教學室內場域得以安心上課就學』『113年度本校獲得原住民族學校型態實驗教育評鑑優等』。